Если открыть форму 2-НДФЛ в программах 1С (например: в Бухгалтерии ред. 3.0 вкладка «Отчеты» - «Регламентированные отчеты» - «2-НДФЛ для передачи в ИФНС»), то для вывода общих данных по всем справкам сотрудников нужно вызвать на печать «Реестр (дополнительный с 2014 года)».
Первое, что должно совпадать - это сумма начисленного дохода в реестре 2-НДФЛ с строкой 020 раздела 1 формы 6-НДФЛ, при этом сумма начисленного дохода зачастую может не совпадать с КТ в ОСВ по 70-му счету за период с 01.01-31.12 или с отчетом «Полный свод начислений, удержаний и выплат» за 2018 год.
Такая ситуация довольно распространенная, например, в свод попадают начисления, которые не облагаются НДФЛ: пособие по уходу за ребенком до 1,5 лет, пособие по беременности и родам, а в отчётность по НДФЛ эти суммы не попадают.
Также есть некоторые нюансы, связанные с датой получения дохода для целей исчисления НДФЛ, например, больничный лист, начисленный в декабре 2018 г., а выплаченный в январе 2019 года попадет в свод, а в отчетность по НДФЛ попадёт в 1 квартале 2019.
Второе, что должно совпадать - это количество физических лиц в справке 2-НДФЛ по организации и строка 060 раздела 1 формы 6-НДФЛ.
Третье, что должно совпадать - это сумма исчисленного налога, строка 040 в отчете 6-НДФЛ с итоговой графой реестра «Общая сумма налога исчисленная» формы 2-НДФЛ. Если говорить о сумме налога удержанного, то строка 070 раздела 1 отчета 6НДФЛ может не совпадать с итоговым значением по всем сотрудникам колонки «Общая сумма налога удержанная» отчета 2-НДФЛ, т.к. отчет 6-НДФЛ это срез учета на дату 31 декабря, соответственно, если заработная плата за декабрь будет выплачена в январе, то в 6-НДФЛ в строку 070 эти суммы не попадут.
Если говорить о форме 2-НДФЛ, то если на дату составления отчета налог за предыдущий год полностью удержан и перечислен (даже в январе 2019 года), то в графы суммы налога удержанная и перечисленная значения должны попасть.